Eisenbart, geboren im Jahre 1663, wurde die Chirurgie quasi in die Wiege gelegt. Sein Vater war Chirurg, verstarb aber schon, als Johann zehn Jahre alt war. Anders als heute, war die Chirurgie damals ein Handwerksberuf, den man nicht studierte, sondern in langer Ausbildung lernte. So ging der Junge ab 1773 bei seinem Schwager Alexander Biller in Bamberg in die Lehre zum Okulisten (Augenarzt), Steinschneider (Chirurg, ausgebildet für die Entfernung von Blasensteinen) und Bruchschneider (Chirurg für Leistenbrüche).
1684 schloss er seine Ausbildung mit einem Starstich ab. Bei dieser „Operation“ wird die vom Grauen Star eingetrübte Linse mit einer Nadel in den Glaskörper geschoben, was dem Erkrankten ein Mindestmaß an Sehkraft zurückgibt. Im Laufe seines Lebens sollte Eisenbart für seine Ausführung dieser Technik berühmt werden und sogar eine spezielle Nadel dafür entwickeln.
Nach seiner Ausbildung wollte Eisenbart sich mit einer eigenen Praxis niederlassen. Den alteingesessenen Kollegen missfiel die neue Konkurrenz und sie beschwerten sich mit Erfolg beim Herzog.
Um die ärztliche Versorgung der Landbevölkerung zu gewährleisten, erteilten die Landesväter seinerzeit Handwerkschirurgen mit ausreichenden Fähigkeiten Privilegien. Solch ein Privileg erhielt Eisenbart im August 1686 für das Herzogtum Sachsen-Gotha-Altenburg. So war es ihm gestattet, auf Wochen- und Jahrmärkten seine Dienste anzubieten.
Im Laufe der Jahre konnte er sich zehn weitere Privilegien erarbeiten. Darunter für die Kurfürstentümer Sachsen und Hannover sowie das Königreich Preußen. Diese Privilegien ermöglichten es ihm, seine Dienste in einem riesigen Gebiet anbieten zu können, ohne dabei Zölle auf die mitgeführten Medikamente zahlen zu müssen. Diese Medikamente ließ er ab 1703 in einer der ersten pharmazeutischen Manufakturen Deutschlands in Magdeburg herstellen.
Höhepunkt seines Schaffens war der persönliche Befehl des preußischen Königs Friedrich Wilhelm I., der ihn 1716 erreichte. Darin wurde er aufgefordert, das Leben des Lieutenants von Grävnitz zu retten – was ihm auch gelang. Der Erfolg brachte ihm den Titel des Hofokulisten in Preußen ein. Bald darauf erkrankte Eisenbart allerdings selbst an Gicht und starb nach einem Schlaganfall am 11. November 1727 in Hannoversch Münden.
Das Kinderlied „Ich bin Doktor Eisenbart“ wurde übrigens erst um 1800 von Göttinger Studenten erfunden und besang den guten Wundarzt fälschlicherweise als prahlerischen Quacksalber, dessen fragwürdige Behandlungsmethoden Tod oder nachhaltige Verstümmelung zur Folge hatten.